Φλεγμονές του τραχήλου της μήτρας (τραχηλίτιδα), του ενδομητρίου (ενδομητρίτιδα) και των σαλπίγγων (σαλπιγγίτιδα), συγκαταλέγονται στις πιο σοβαρές αιτίες υπογονιμότητας. Υπεύθυνοι μικροοργανισμοί είναι τα χλαμύδια, το μυκόπλασμα, το ουρεόπλασμα, ο γονόκοκκος και ο έρπητας. Μετά τη φλεγμονή ο υγιής ιστός αντικαθίσταται από ουλώδη, στον αυλό του τραχήλου και στη μητριαία κοιλότητα.
Η δημιουργία ουλώδους ιστού στις σάλπιγγες είναι συχνή αιτία υπογονιμότητας λόγω απόφραξης αυτών. Στην περίπτωση αυτή εκτός από τη μη διαβατότητα είναι μειωμένη και η συλληπτική δυνατότητα αυτών διότι το κροσσωτό τους επιθήλιο έχει καταστραφεί, παράγοντες σημαντικοί για την προώθηση του γονιμοποιημένου ωαρίου προς τη μητριαία κοιλότητα.
Εκτός αυτού, ο κίνδυνος για τη δημιουργία εξωμήτριου (σαλπιγγικής) κύησης είναι αρκετά αυξημένος.
Οι φλεγμονές αντιμετωπίζονται με τη χορήγηση αντιβιοτικών. Σε απόφραξη σαλπίγγων είναι καλύτερη η εξωσωματική γονιμοποίηση, εκτός εάν η απόφραξη είναι στο τελικό μέρος της σάλπιγγας, οπότε μπορεί να γίνει λαπαροσκοπική διάνοιξη αυτών.

Φάρμακα
Μείωση της γονιμότητας προκαλούν ορισμένα φάρμακα όπως: αντικαταθλιπτικά, αντιυπερτασικά, νευροληπτικά και αντιόξινα. Η αιτία είναι ότι προκαλούν αύξηση της προλακτίνης (μιας ορμόνης της υπόφυσης) η οποία παρεμποδίζει την έκκριση των γοναδοτροπινών και ελαττώνει την παραγωγή φυλετικών ορμονών. Αυτό επιφέρει στις ωοθήκες δυσλειτουργία στην εξέλιξη και ωρίμανση του ωαρίου. Επίσης, εμποδίζεται η διέλευση των σπερματοζωαρίων.